Salah satu keutamaan menghafal Al Quran adalah mendapatkan syafaat atau pertolongan dari Allah SWT, di SCI siswa menghapal Al-Quran melalui program murojaah atau pengulangan bacaan secara terstruktur, diharapkan siswa program full day dapat menghapal minimal satu juz sedangkan siswa boarding minimal tiga juz atau lebih.